Alfafar fue en su día una alquería musulmana. El nombre procede del árabe «Al Hofra» que significa lugar hondo, de hoyos o fosos. Esas fosas se han encontrado en tiempos bastante recientes en el proceso de realización de diversas obras en el centro del pueblo. En una esquina de la plaza del País Valencià aparecieron galerías a una profundidad de cuatro a cinco metros; en ellas se encontraron diversos trozos de cerámica que se cree que datan de los siglos IX o X.

El nombre de Al Hofra fue convirtiéndose, sucesivamente por corrupción y uso de la palabra, en Alfolfar, Alfofar y en la actual Alfafar. En el «Llibre del Repartiment» de Jaime I, hay constancia de donaciones en junio de 1238 -antes de la Conquista de Valencia que se realizó en octubre- de casas y tierras, a gentes de sus huestes en «Alqueriam d’Alfofar». En enero de 1347 el Rey Pedro IV el Ceremonioso dona todas las tierras a Don Pedro Boil, caballero principal de este Reino, de todas las tierras, convirtiéndolo en Señorío a su favor el catorce de febrero de 1363, y su familia lo ejerció hasta la desaparición de los Señoríos en 1812. Aunque restan pocas edificaciones antiguas, se supone que por este pueblo discurría la Vía Augusta, y que existió un núcleo de población muy antiguo dedicado a la agricultura y la pesca, debido a la proximidad del lugar con el lago de la Albufera.